1640 – граф Іоан Другет X подарував Чину Товариства Ісусового (ордену Єзуїтів) землі в Ужгороді. 31 серпня того ж року розпочалося будівництво колегіуму Товариства, школи та церкви під наглядом ректора Дєрдя Добронокі, яке тривало впродовж 1640-1644 років.

1732-1740 – на місці старої церкви єзуїти звели собор з двома вежами у стилі пізнього бароко.

1771 – відбулася канонізація Мукачівської греко-католицької єпархії.

1772 – єпископську кафедру очолив визначний релігійний та культурний діяч владика Андрей Бачинський (4772-1809).

1773 – припинено діяльність ордену єзуїтів в Ужгороді. Колегія перейшла у власність австрійської корони.

1 березня 1775 – Імператриця Марія-Терезія передала будівлі колегії і церкви Мукачівській греко-католицькій єпархії для розміщення в них єпископської резиденції та кафедрального собору.

1779 – встановлено іконостас за проектом Франціска Феха. Іконопис виконав монах Тадей Спалинський Чину святого Василія Великого (ЧСВВ).

15 жовтня 1780 — єпископ Андрей Бачинський освятив кафедральний собор. З цього моменту колишня колегія стала резиденцією мукачівських єпископів. На вівтарній частині собору встановлено мармурову дошку з дарчим написом імператриці Марії-Терезії.

1858 – єпархіальний художник Фердинанд Видра (1815-1879) виконав настінні розписи у кафедральному соборі.

1927 – за правління єпископа Петра Ґебея (1924-1931) художник Йосиф Бокшай (1891-1975) виконав настінні розписи в єпископській каплиці, які поновив 1942 р. за єпископа Александра Стойки (1932-1943).

1938 – на плафоні собору Й. Бокшай створив величну композицію «Воздвиження чесного животворящого Хреста».

З 1772 до 1947 р. крипта собору служила місцем поховання визначних церковних діячів, серед яких єпископи Іоанн Брайан, Андрей Бачинський, Олексій Ловчій, Василій Попович, Стефан Панькович, Юлій Фірцак.

31 жовтня 1947 р. агентами НКВС СРСР вбито єпископа Мукачівської греко-католицької єпархії владику Теодора Ромжу (1943-1947).

1949 – в умовах Радянського Союзу греко-католицька Церква на Закарпатті була заборонена, а духовенство зазнало репресій. Діяльність Церкви продовжувалась у підпіллі.

10 жовтня 1991 р. за правління владики Іоана Семедія собор повернуто Мукачівській греко-католицькій єпархії.

З червня 1998 р. в одній з крипт собору виявлено поховання Теодора Ромжі, якого папа Іоанн Павло ІІ 27 червня 2001 р. проголосив Блаженним.

28 червня 2003 р. мощі Блаженного Теодора Ромжі урочисто перенесено до кафедрального собору.

У 2004 р. за правління владики Мілана Шашіка розпочато повернення приміщень резиденції Мукачівській греко-католицькій єпархії.

.

Етапи реконструкції

1876-1878 – при єпископі Іоанні Пастелію (1874-1891) за проектом архітектора Луки Фабрі на західному фасаді собору додано портик з чотирма корінфськими колонами та змінено вежі

.

1846 – єпископ Василій Попович (1831-1864) власним коштом добудовує єпископську резиденцію

.

 1644 – ймовірний вигляд єзуїтської церкви за версією історика Петра Сови (1894-1983)

.